2024年度企业所得税汇算清缴正在进行中，跨地区经营汇总纳税企业注意啦，根据《国家税务总局关于优化企业所得税年度纳税申报表的公告》（国家税务总局公告2025年第1号），总分机构分摊税款计算方法有变化，跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》（A109000）及《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（A109010）的表样和填报说明有调整！我们梳理了一些热点问题，希望能帮助您合规纳税↓
按照调整后的规则，企业先对全年应纳税款进行分摊，再由总、分机构分别抵减其已分摊预缴税款，并计算本年应补退税金额。
举例说明如下：
案例：甲公司是2023年在北京市注册成立的企业，不属于小型微利企业。甲公司分别在山东省、天津市、河北省设立了分支机构A、B、C。2024年，甲企业全年预缴了250万元，其中，总机构预缴了125万元,A、B和C按照50%、30%、20%的分摊比例，分别预缴了62.5万元、37.5万元、25万元。甲公司2024年度汇缴应纳税额300万元，并发现分支机构A、B三因素填写错误，A的分配比例是30%，B的分配比例是50%。
（一）原计算方法
第一步，整体计算企业本年应补（退）税额。
甲企业应补（退）税额：300－250＝50万元
第二步，根据分摊比例分别计算总分机构应补退税额。
总机构应补（退）税额：50×50%＝25万元
分支机构A应补（退）税额：50×50%×30%＝7.5万元
分支机构B应补（退）税额：50×50%×50%＝12.5万元
分支机构C应补（退）税额：50×50%×20%＝5万元
（二）新计算方法
第一步，根据分摊比例计算总分机构全年实际应纳所得税额。
甲企业：300万元
总机构：300×50%＝150万元
分支机构A：300×50%×30%＝45万元
分支机构B：300×50%×50%＝75万元
分支机构C：300×50%×20%＝30万元
第二步，计算总分机构分摊应补（退）所得税额。
总机构应补（退）税额：150－125＝25万元
分支机构A应补（退）税额：45－62.5＝－17.5万元
分支机构B应补（退）税额：75－37.5＝37.5万元
分支机构C应补（退）税额：30－25＝5万元
二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
满足以下条件之一的不就地分摊：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
某二级分支机构所在地主管税务机关自行对该二级分支机构实施税务检查，需要查补税款（包括滞纳金、罚款）。该如何处理？
二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。
因此，该税务检查与其他二级分支机构无关，只在实施税务检查的二级分支机构和总机构之间进行分摊。
总机构所在地主管税务机关自行对总机构实施税务检查，需要查补税款（包括滞纳金、罚款）。该如何处理？
总机构应将查补所得税款的50%按照分摊比例，分摊给各分支机构（不包括不就地分摊的分支机构）缴纳；50%分摊给总机构缴纳。
因此，该税务检查不涉及不就地分摊的分支机构，只在实施税务检查的总机构与就地分摊的二级分支机构之间进行分摊。
